W pierwszej dekadzie działalności Fundacja Centrum Stosunków Międzynarodowych realizowała projekty poświęcone przede wszystkim

1. integracji Polski z UE,
2. relacjom dwustronnym Polska – Niemcy, Polska – Rosja i Polska-USA,
3. wyzwaniom związanym z europejskimi migracjami
4. zmianom w światowym układzie sił po rozpadzie ZSRR i zakończeniu „zimnej wojny”.